双方协商或合同约定情况是决定运费承担的关键。税务机关在检查代垫运费时，会关注以下几个**：
1. 首先，要了解交易地点并查明货物的销售方式，以确定谁应承担运费。购销双方可以商定发货制、送货制或中间任意地点交货。然而，由于购货方注重产品质检和防范运输风险等原因，他们通常采取送货制交易方式。因此，在税收征管和检查中，需要从企业提供的资料和现场查看中分析把握销售方何时丧失货物所有权并获得相应的经济权益，同时购买方何时拥有货物所有权并形成应付货款。明确交易地点也就明确了谁该承担运费，进而明确了能否实行“两票结算”，税收检查时销售方能否分解混合收入及购买方能否抵扣运费进项税额就一目了然。
2. 其次，要了解运费发票的开票人是谁，是承运人还是由销售方（包括自行填开或到当地税务部门代理开具），核实是代垫运费、代组织运输还是经营运输。代垫运费是销售方向承运人索票付款后形成的。当出现以下三种情况时就应**检查：若是销售方自行填开运票应为混合销售收入；若是销售方到地税部门代理开具运票则是代组织运输；若是销售方向承运人支付运费后加价到地税部门代理开具运票就是经营运输也应为混合销售收入。
3. **，要把握物流和资金流的内在联系，查运票填开内容真实性和完整性，核实虚开、高开运费分解货物销售收入的行为。这就需要创新稽查方式，改变以往“就账查账”的传统做法，实行“五结合关联稽查”方法，即进销项检查与成本检查相结合、实地检查与调账检查相结合、账面检查与逻辑分析相结合、账内检查与账外查证相结合、销售方检查与购进方对应检查相结合。**检查企业货物取得的真实性、购进货物的运费该由谁承担、购销双方资金收支是否相对应等，特别注意对购销合同和运输合同中销货方式交货地点款项结算的检查分析，进而查实其运票填开内容真实性和进项税额抵扣以及运输费用税前扣除的合法性。