核定应纳税额的方法有以下几种：
1. 参照当地同类行业或者类似行业中经营规模和收入水平相近的纳税人的收入额和利润率来核定应纳税额。这种方法可以确保纳税人按照与同行业其他企业相似的标准缴纳税款，避免因经营规模或收入水平不同而导致的不公平现象。
2. 按照成本加合理费用和利润来核定应纳税额。这种方法将企业的生产成本、合理费用和利润等因素考虑在内，确保企业在扣除相关成本后能够获得合理的利润，同时缴纳相应的税款。
3. 按照耗用的原材料、燃料、动力等推算或者核算来核定应纳税额。这种方法根据企业所消耗的原材料、燃料和动力等成本来计算应纳税额，确保企业按照实际消耗的成本缴纳税款，避免因成本估算不准确而导致的税务风险。
4. 按照其他合理的方法来核定应纳税额。除了上述三种常见的核定方法外，还可以根据具体情况采用其他合理的方法来核定应纳税额。这需要根据具体的行业特点、经营模式和税收政策等因素进行综合考虑，确保核定的应纳税额符合实际情况和税收法规的要求。
当采用其中一种方法不足以正确核定应纳税额时，可以考虑同时采用两种以上的方法来进行核定。这样可以综合各种因素，确保应纳税额的准确性和合理性。同时，税务机关在核定应纳税额时，也需要与企业进行充分的沟通和协商，确保核定结果符合双方的利益和税收法规的要求。