增量留底退税基数如下：
1、适用于部分先进制造业纳税人。 允许退还的增量留抵税额等于增量留抵税额乘以进项构成比例。
2、除部分先进制造业以外的所有行业纳税人。 允许退还的增量留抵税额等于增量留抵税额乘以进项构成比例乘以60%。
在上述计算公式中，进项构成比例指的是2019年4月至申请退税前一税款所属期内已抵扣的增值税专用发票（含税控机动车销售统一发票）、海关进口增值税专用缴款书、解缴税款完税凭证注明的增值税额占同期**已抵扣进项税额的比重。计算时，需要将上述发票汇总后计算所占的比重。