土地增值税清算不能扣除的费用有：

一、暂扣的工程质量保证金，未取得发票。

二、土地逾期开发，缴纳的土地闲置费。

三、利息上浮幅度超过规定标准的部分。

四、超过**期限的利息部分和加罚的利息。

五、实际发生的成本费用，未取得有效凭证。

六、企业预提的成本费用。

七，除财务费用外的其他开发费用，超过土地及开发建设成本5%的部份。

八、与清算项目无关的成本费用。

九、不能提供已支付的地价款凭据的。

十、因企业原因发生的纳税评估费用。