当支付境外佣金时，根据《关于**推开营业税改征增值税试点的通知》（财税〔2016〕36号）附件一的规定，购买方需要代扣代缴增值税及附加税费。具体来说，如果境外单位或个人在境内发生应税行为，且在境内未设有经营机构，那么购买方将承担增值税扣缴义务人的角色。
计算应扣缴税额的公式为：购买方支付的价款÷（1＋税率）×税率。此外，根据《城市维护建设税暂行条例》《征收教育费附加的暂行规定》《关于统一地方教育附加政策有关问题的通知》（财综〔2010〕98号）等文件，增值税的代扣代缴、代收代缴义务人还需按照相应规定计算缴纳城市维护建设税、教育费附加和地方教育附加。
在会计处理方面，支付境外佣金的分录如下：借：管理费用；贷：应付账款（境外公司非居民企业）。接着，借：应付账款（境外公司非居民企业）；贷：应交税费—应交增值税。**，借：应交税费—应交增值税；贷：银行存款。在支付税款时，借：应交税费—应交增值税；贷：银行存款。