在公司进行注销清算过程中，若存在增值税进项税额未**抵扣的情况，税务机关将不再对纳税人期初存货中尚未抵扣的已征税款进行退税。同样，对于在征税后出现的进项税额大于销项税额后的不足抵扣部分，也不会给予退税。
根据《关于增值税若干政策的通知》第六条的相关规定，一般纳税人在注销或被取消辅导期一般纳税人**并转为小规模纳税人时，其存货无需进行进项税额转出处理，同时其留抵税额也不予以退税。