二者含义不同，具体如下：

1、免税区根据**前提条件获得**税务优惠，免税不等于不交税，免税区是要求符合**注册条件的公司在某一固定地区的注册的。

2、保税区又称加工贸易保税区，保税区，狭义的定义为：海关所设置的或经海关总督批准注册的特定全封闭区域。外国商品在海关监管下(海关颁发仓储手册或来料/进料加工手册)，可暂时不交纳进口关税和不需提供进口许可证存入保税区的保税仓库内。如再出口不需交纳出口税，输入**市场销售，必须交纳进口税。