费用报销时报销凭证丢失的，需要根据公司内部管理的要求进行处理，比如取得对方公司提供的发票复印件，如果不涉及发票的，可以由公司重新拟定合同，复印完税凭证，重新填写申请单等。对应的账务处理则根据报销的具体业务来确认。