公司支付给代理公司的投标保证金，通过其他应收款科目核算。

其他应收款是资产性质的科目，增加计入借方核算，同时会导致货币资金减少，资产减少计入贷方核算。

公司支付给代理公司的投标保证金账务处理是，

借：其他应收款，

贷：银行存款。