支付工程款扣除质保金，会导致应付账款减少，负债减少计入借方核算，扣除的质保金通过其他应付款核算，负债增加计入贷方核算。

支付工程款扣除质保金的账务处理是，

借：应付账款—某某单位，

贷：银行存款等科目，

其他应付款—工程质保金。