应付职工薪酬年末有余额是正常的，没有规定应付职工薪酬年末余额必须清零，应付职工薪酬是负债性质的科目，应付职工薪酬科目的年末有余额代表年末的时候，单位应付未付的工资薪金金额，在以后支付了余额才为0的。