员工的工资一般会因为该员工出勤或者工作业绩的不同而在每个月有所差异，每个月工资不同是正常的，企业只需要按其工资所属期间实际应付的工资金额进行填制，然后扣除员工个人应负担的社保、公积金、专项扣除费用等金额后进行计算交税即可，自然人申报管理软件会自动计算员工之前的税费金额和本期应纳税额。