对于已经离职的员工，企业补发的工资和奖金，按正常的员工收入进行扣缴即可。工资，奖金这些都可以计入到员工的综合所得进行申报，企业在申报时，如果已经该员工在申报软件上修改成非正常状态的，需要先将该员工改为正常，然后再进行申报。