企业应按合同的金额先缴纳对应的印花税，如果企业确实是有多申报了企业所得税，并扣款了，企业可以提供相应的证据给到当地税务局，向税务局申请退税或者将多交的印花税部分在以后进行抵减，具体的操作流程需要咨询当地税务局。