机动车抵扣联盖章了也是可以抵扣的，在实际操作中，企业以前需要认证进行发票的时候，要扫描认证，所以有时候企业在发票上的印章遮盖了发票的数据，就会影响企业认证，现在企业增值税发票的抵扣一般是在增值税勾选确认平台上进行勾选确认的，所以没有关系的了。