药店采用哪一种方式更好需要根据实际来确认，如果药店规模比较小，业务比较简单，则建议按个人独资企业或者个体工商户来注册。如果药店规模比较大，所发生的业务金额也比较大，业务对象比较大，则建议以公司来注册。