软件企业的主营业务成本有研发部门的人员工资和所有与研发有关的软硬件支出都可以计入主营业务成本，因为软件开发公司的主要成本就是技术人员工资成本，主营业务成本主要包括软件产品制作的直接成本，比如光盘，生产费用，外加工费用，包装费用等。