如果就只有单独的法院判决书的，不可以作为付款凭证入账。

法院的判决书，只是通过判决规定了诉讼当事人应该承担的法律责任（主要是付款责任），但并不因此证明已经履行了判决（即支付了判决书所判决的对应金额的资金）。

所以，应该将判决书和相应的付款依据（或由对方或法院出具的收款凭证）一起作为凭证入账，而不能单独将判决书入账。