《中华人民共和国土地增值税暂行条例实施细则》（财法字[1995]6号）第七条规定，条例第六条所列的计算增值额的扣除项目，具体为：（五）与转让房地产有关的税金，是指在转让房地产时缴纳的城市维护建设税、印花税。因转让房地产交纳的教育费附加，也可视同税金予以扣除。

根据上述法规规定，清算土地增值税时可以扣除的税费包括：城建税、教育费附加、地方教育费附加，但是不包括增值税、企业所得税。