运输公司进项票本身没有抵扣比例的限制，企业可以根据实际情况来进行抵扣，只要所拿到的进项发票，是属于合理合法的发票，是企业真实业务的发票就可以。进项税额大于销项税额的部分可以留抵，低于销项税额的部分交税就可以了。