跨县不跨市非独立核算的分公司缴税申报是一个复杂的过程，需要按照**的规定进行操作。首先，当分公司开具了增值税发票后，增值税需要在当地进行申报和缴纳。这是确保税收合规的重要一步。
其次，对于非独立核算的分公司所得税，并不是由分公司自行申报的，而是根据总公司分配的结果来填写所得税申报表。新企业所得税法采用了法人税制，对跨地区经营汇总纳税企业实行“统一计算、分级管理、就地预缴、汇总清算、财政调库”的企业所得税征收管理办法。这意味着分公司的收入和成本都需要汇总至总部，由总部统一计算出应缴的企业所得税。然后，总部将其中50%的部分在各分公司间进行分配，实施就地预缴。
这个过程需要分公司和总部之间的密切合作和信息共享。分公司需要及时向总部提供相关的财务数据和报表，以便总部能够准确计算应缴的企业所得税。同时，总部也需要及时向分公司传达相关的税务政策和要求，确保分公司能够按照正确的方式申报和缴纳税款。
总之，跨县不跨市非独立核算的分公司缴税申报是一个需要严格遵守规定和程序的过程。通过统一计算、分级管理、就地预缴、汇总清算和财政调库等措施，可以确保企业所得税的合规性和公平性。分公司和总部之间的紧密合作和信息共享是成功完成这一过程的关键。