总部已经代为扣除并缴纳了个人所得税，因此分公司无需再进行个税申报。这是因为工资是由总公司发放的，所以个人所得税的申报和扣缴工作应由总公司负责。
根据《**税务总局关于个人所得税偷税案件查处中有关问题的补充通知》（国税函[1996]602号）第三条的规定，税务机关认定对所得支付对象和支付数额有决定权的单位和个人，即为扣缴义务人。这意味着，如果一个单位或个体对所得的支付对象和支付数额有决定权，那么该单位或个体就有义务进行个人所得税的扣缴工作。
在实际操作中，总公司作为工资的发放者，对所得的支付对象和支付数额有决定权，因此总公司应承担个人所得税的申报和扣缴工作。分公司作为非独立法人，其所得来源于总公司，因此分公司无需进行个税申报。
此外，总公司在进行个人所得税的申报和扣缴工作时，需要遵守相关的法律法规，确保个税的合法、合规缴纳。这包括准确计算员工的应纳税所得额，按照法定税率进行税款的扣缴，以及及时、准确地向税务机关报送个税申报表等。
总的来说，总公司作为工资的发放者和所得支付的决定者，有义务进行个人所得税的申报和扣缴工作。分公司作为非独立法人，其所得来源于总公司，因此无需进行个税申报。