通行费发票的计算方法如下：
1. 若取得增值税电子普通发票，则进项税额为发票上注明的税额。 2. 如果获得带有旅客身份信息的航空运输电子客票行程单，那么进项税额应按照以下公式计算：航空旅客运输进项税额 = （票价 燃油附加费）÷（1 9%）× 9%。 3. 若持有带有旅客身份信息的铁路车票，其进项税额应按照以下公式计算：铁路旅客运输进项税额 = 票面金额÷（1 9%）× 9%。 4. 对于其他类型如公路、水路等客票，如果它们注明了旅客的身份信息，进项税额应按以下公式计算：公路、水路等其他旅客运输进项税额 = 票面金额÷（1 3%）× 3%。
关于通行费发票的审报填写，有以下几点需要注意：
- 若获得增值税专用发票，在申报采集后，系统会自动提取到《增值税纳税申报表附列资料（二）》“（一）认证相符的增值税专用发票”对应栏次中。 - 若获得增值税电子普通发票或带有旅客身份信息的航空、铁路等票据，在申报时需要填写在《增值税纳税申报表附列资料（二）》第8b栏“其他”中。 - 将上述本期购进旅客运输服务的合计（包括专票等允许抵扣的票据），填写在**0栏“本期用于抵扣的旅客运输服务扣税凭证”中。需要注意的是，这一栏并不参与税款的计算。