公司员工个人所得税年度汇算的步骤如下：
1. 授权财务人员：首先，我们需要给财务人员授权，以便他们能够代表员工进行税务操作。如果财务人员已经完成了实名办税，那么他们就不需要再次授权。
2. 登录自然人电子税务局网页版进行申报：经过授权的财务人员可以登录自然人电子税务局网页版进行集中申报。在这一步中，他们需要选择对应的汇缴单位，并输入单位的省、市和税号进行搜索。然后点击“立即申报”。请注意，集中办理汇缴不支持逾期办理。扣缴义务人应在6月30日前代为填报相关表单以及办理后续的补退税等相关事项。
3. 报表填写报送：在填写报表后，财务人员可以直接添加或使用模板导入数据。核对数据无误后，点击“报送”。
4. 退税申请：如果退税状态为“待退税”或“放弃退税”，则可以提交退税申请。
5. 税款缴纳：在申报表报送成功后，如果存在欠税情况，可以点击“税款缴纳”办理缴税业务。
6. 申报查询：**，可以通过点击“申报记录查询”来查询已申报的数据。
另外，需要注意的是，个税汇算清缴是指上年度个人所得税清算的过程。根据目前的个人所得税法规定，工资薪金所得、劳务报酬所得、稿酬所得、特许权使用费所得合并为“综合所得”，需要在次年的3月1日至6月30日内办理汇算清缴。个人所得税采用分月、分季形式进行预缴，但由于全年决算的课税依据与季度预缴往往不一致，因此在年度终了后需要进行汇总计算清缴税款，并对已预交的税款进行多退少补的操作。