经营所得汇算清缴中填报已经有了减除费用，我们可以进行以下修改：
1. 登录网页端自然人电子税务局。 2. 选择“我要查询”。 3. 点击“申报查询”。 4. 在已完成的列表中找到“经营所得个人所得税年度申报”，并点击“查看”。 5. 进入计税详情页面。 6. 将允许扣除的个人费用及其他扣除直接修改为“是”。
补充说明：
您已在经营所得汇算清缴中填报了“减除费用”，但出现了不可重复扣除的提示。这可能是因为在您名下有一个个体工商户或者个人独资企业，这两个也需要进行年度报税，报税名称为个人经营所得。这与个人综合所得（即每年个人所得税APP从3月至6月底进行的年度汇算清缴）相对应。因此，会出现这个提示。