专项基金和专项应付款的区别可以通过会计分录进行分析掌握。具体分析如下：
1. 合作社收到**财政直接补助资金时，借记“库存现金”、“银行存款”等科目，贷记“专项应付款”科目。 2. 合作社按照**财政补助资金的项目用途，取得固定资产、农业资产、无形资产等时，按实际支出，借记“固定资产”、“牲畜(禽)资产”、“林木资产”、“无形资产”等科目，贷记“库存现金”、“银行存款”等科目。 3. 同时借记“专项应付款”科目，贷记“专项基金”科目。
补充：专项应付款会计科目的含义是什么？
专项应付款是企业的专项资金对外发生的各种应付和暂收款项。其特征为： - 属于负债 - 专款专用 - 不需要以资产或新的负债偿还。
专项应付款科目用于核算企业接受**拨入的具有专门用途的拨款。发生专项应付款或专项暂收款时贷记该帐户，支付各项应付、暂收款时，借记该账户。贷方余额为专项应付款实有数。