独立核算和非独立核算是两种不同的会计核算方式。
独立核算是指对本单位的业务经营活动过程及其成果进行**、系统的会计核算。这意味着分公司有独立的银行账户，所有收入都要存入到分公司账户，支出也由分公司审核通过后再进行支付。
非独立核算一般是因为没有资本，所以财产物资是由上级单位进行拨付的。它没有独立的银行账户，所以它的所有收入都要存入到上级单位账户，支出也由上级单位审核通过后再进行支付。
在公司所在地有流转税纳税义务时，分公司需要登记为独立核算性质的分公司。如果在当地不从事生产经营活动，只负责联络、售后服务等于经营相关的业务，并且在当地也不需要进行流转税的缴纳，那么需要登记为非独立核算性质的分公司。
无论分公司是否采用独立核算，都要根据要求单独建账。独立核算和非独立核算的主要区别在于采用非独立核算的分公司，它的一切账务是需要汇总到总公司进行核算的。
此外，总分公司所得税汇算的原则是按照统一规范、兼顾总机构和分支机构所在地利益的原则，实行“统一计算、分级管理、就地预缴、汇总清算、财政调库”的处理办法。属于**与地方共享范围的跨省市总分机构企业缴纳的企业所得税中，25%由总机构所在地分享，50%由各分支机构所在地分享，25%按**比例在各地间进行分配。