在处理职工工资时，公司需要扣除个人负担的社保款项。具体的账务处理如下：
首先，当从职工工资中扣除个人负担的社保款项时，公司的账务处理为：
借：应付职工薪酬—工资 贷：其他应付款（个人负担的社保）
这意味着公司将扣除的社保款项记入应付职工薪酬的借方，同时将其记入其他应付款的贷方。
接下来，当将扣下的社保款项缴纳给社保局时，公司的账务处理为：
借：应付职工薪酬—社保 贷：其他应付款（个人负担的社保） 银行存款
这意味着公司将扣下的社保款项记入应付职工薪酬的借方，同时将其从其他应付款的贷方中减去，并将其记入银行存款的贷方。
通过以上账务处理，公司能够准确地记录和核算职工工资中扣除的个人负担的社保款项，并将其缴纳给社保局。这样的做法有助于确保公司的财务记录准确无误，同时也符合相关法律法规的要求。