当企业收到的工程款少于其开具给对方的发票金额时，通常可以采取以下几种处理方法：

1、如果预计企业后续仍会从对方那里收到剩余的工程款，那么这笔差额应当记入应收账款科目。一旦实际收到款项，就相应地对其进行冲减处理。

2、若企业判断自己不会再从对方那里获得**额外的款项，那么可以选择将这部分金额作为坏账损失来处理，或者通过开具红字发票的方式来进行冲减操作。