增值税的进项抵扣有三种方式：凭票抵扣、计算抵扣和核定抵扣。
凭票抵扣是指从销售方或提供方取得的增值税专用发票（含税控机动车销售统一发票）上注明的增值税税额；从海关取得的海关进口增值税专用缴款书上注明的增值税税额；从境外单位或者个人购进服务、无形资产或者不动产，为税务机关或者扣缴义务人取得的解缴税款的完税凭证上注明的增值税额。
计算抵扣分为两种情况。**种是计算抵扣购进农产品的进项税。购进方没有取得增值税专用发票、海关进口增值税专用缴款书、完税凭证，但可以自行计算进项税额抵扣的情形——购进农产品，除取得增值税专用发票或者海关进口增值税专用缴款书外，按照农产品收购发票或者销售发票上注明的农产品买价和扣除率计算进项税额抵扣。进项税额=买价×扣除率。第二种是计算抵扣旅客运输的进项税。增值税一般纳税人支付的旅客运输费，凭取得的旅客运输发票上注明的收费金额按照相关规定计算可抵扣的进项税额。
核定抵扣是指在部分行业开展增值税进项税额核定扣除试点。这种方式在实际计算上体现出按照销售实耗核定扣除。自2012年7月1日起开始实施。